Mezarlık alanlarını ifade eden Nekropoller, Hierapolis’in Kutsal Şehir olarak adlandırılmasının ardından ayrı bir öneme bürünmüştür. Bu nekropollerde yapılan araştırmalar dönemin bütün dini inançları gün yüzüne çıkarmaktadır. Mezar yapılarının görkemine göre varlıklı yada halk mezarı olarak kolaylıkla ayrılabilen bu nekropoller kentin ana caddesinin kuzey ve güney doğrultusunda uzanmaktadır, sayıları ise 2.000’den fazladır. Kent surlarının dışında ve ova dışındaki tüm yönlerde nekropol alanları bulunmaktadır. Bunlar yoğunlukla Tripolis – Sardes’e giden kuzey yolunun ve Laodikya – Clossae’ye giden güney yolunun iki tarafında yer alır. Mezarlarda kireçtaşı ve mermer kullanılmıştır. Mermer kullanımı daha çok lahit tiplerinde görülür.
Kuzey Nekropolis
Kuzey Nekropolisteki anıtların iyi durumda koruna gelmiş olması ve yayıldığı geniş alanda, çok sayıda traverten lahit ile birlikte bulunması, etkileyici bir görüntü oluşturur. Hierapolis mezar anıtlarının mimarisi çok çeşitlidir ve değişik uygulamalar gösterir. En eski mezarlar Helenistik Döneme tarihlenen tümülüs mezarlardır. Bu mezarlar düzgün kesilmiş taşlarla örülü silindir kasnak ile sınırlanan mezar odasının üstü koni biçimi verilmiş toprakla örtülüdür. Mezar odasına dramos adı verilen koridor ile ulaşılır. Tümülüsler, yol boyunca ve doğuya doğru çıkan bayırda yer almaktadır.
Güney Nekropolis
Güney Nekropolisde depremin etkileyici izleri görülmektedir. Geniş traverten düzlük tamamen alt üst olmuştur. Basit ve belki de daha eski nekropolise ait dörtgen çukur mezarlar ve taş ocağına ait izler dikkat çekmektedir. Kazılar sırasında Denizli Müzesi uzmanları, uzun yazıtlı bomoslu bir mezar yapısı bulmuşlardır. Yakınında Genç Helenistik Döneme tarihlenen bir tümülüs mezar yer almakta, bunun yanında ise yazıtlı mermer steller bulunmuştur. Alanın kuzeyinde kazı çalışmaları devam etmektedir, yamaçta Bizans surlarının olduğu yerdeki mezar yapılarında figürlü mermer lahitler bulunmuştur. Bu lahitler taş bir kaide üzerinde durmaktadır. Kerpic tuğlalar ile yükseltilmiş olan çatı kiremit ile örtülüdür. Bu tip, bir yenilik oluşturmaktadır. Mezar yapısının içi ise çok renkli fresklerle süslenmiştir.