Mevcut Tapınak, eski ve dini mağara olarak bilinen Plutonion üzerinde kurulmuştur. Yerli halkın en eski dini merkezi olan bu yerde, Apollon bölgenin ana Tanrıçası Kybele ile buluşmuştur. Eski kaynaklar, Ana Tanrıça Kybele rahibinin bu mağaraya indiğini ve zehirli gazdan etkilenmediğini bildirirler. Apollon Tapınağı’nda üst yapıya ait kalıntılar M.S III. yüzyıldan geriye gitmemekle birlikte, temeller Geç Helenistik Döneme kadar uzanmaktadır. Mermer giriş basamaklarından tanınan 70 metre uzunluğundaki Tapınak, temenos duvarı ile çevrili kutsal alan içinde bulunmaktadır. Temenos duvarı güney, batı ve kuzeyde bir kısmı kazılmış olan portiğe yaslanmıştır. Mermer portiğe ait dor düzenindeki yivli yarım sütunlar, astragal ve inci dizisi, ekhinusu da yumurta dizisi ile bezeli sütun başlıkları taşımaktadır.
Hierapolis Apollon Kutsal Alanı Tapınak, daha geç bir döneme tarihlenmekte, fakat müzede bulunan iki ion bir korint düzenindeki nefis başlık ile bazı mimari parçalar M.S I. yüzyıla tarihlenmekte ve daha eski çağlara dayanan bir tapınağın varlığına işaret etmektedir. Apollon Tapınağı’ndan günümüze kalan mermer merdivenden başka, mermer levhalar ile kaplı ve silmeli kornişleri olan bir podyum görülmektedir. Cephesi iki ante ve arasında yer alan iki sütun ile bezelidir. Tarihlenmesi ante ve başlıklarında, cella duvarında ve tabanında kullanılan yazıtlı bloklar sayesinde yapılabilmektedir. Bir tanesinin üzerinde Apollon kehanetine ait bir yazı okunmaktadır. Tapınak mimari bezemelere göre M.S III. yüzyıla tarihlenmektedir.
Tapınağın arkasındaki merdivende, Apollon Tapınağı’ndan alınan parçalar, sütun gövdeleri, arşitrav parçaları, başlıklar, kaideler ile doldurulan bir alan görülmektedir. Bu yapıda, M.Ö IV. yüzyıl heykel şemalarını yenileyen, kıvrımlı giysili olan, nitelikli bir kadın heykeli bulunmuştur. Yazıtından da anlaşıldığına göre Zeuxis’in kızı Apphia imparatorluk tanrılarına ve Demos’a adamıştır.